合伙人退出合伙企業(yè)則有多種方式，包括轉(zhuǎn)讓份額、退伙以及合伙企業(yè)的清算。

合伙人轉(zhuǎn)讓合伙份額的，該份額一般被視為合伙人的權(quán)益性財產(chǎn)，因此轉(zhuǎn)讓所得應(yīng)確認(rèn)為合伙人的財產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得予以納稅。操作中，如果在轉(zhuǎn)讓時合伙企業(yè)還有留存收益尚未向合伙人實際分配，而被轉(zhuǎn)讓的份額包含對該部分留存收益的權(quán)益時，轉(zhuǎn)讓人可能面臨同一筆所得的重復(fù)征稅——留存收益產(chǎn)生當(dāng)年合伙人繳納的所得稅和財產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得繳納的所得稅。轉(zhuǎn)讓公司股份不存在這個問題，因為沒有分配的留存收益并不會視同股東的收入而交稅。

投資者退伙的稅收雖無全國范圍內(nèi)的明文規(guī)定，但有稅務(wù)機(jī)關(guān)采用借鑒企業(yè)所得稅關(guān)于企業(yè)清算的規(guī)則，按照投資人退伙取得的收入超過出資和未分配留存收益的部分，確認(rèn)為投資資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得。不過，如果地方稅務(wù)機(jī)關(guān)不允許從所得中扣除留存收益，就仍有重復(fù)征稅的問題。未來有待稅務(wù)當(dāng)局對該問題做進(jìn)一步解釋。

合伙企業(yè)的清算，則以全部資產(chǎn)的公允價值扣除各項清算費(fèi)用、損失、負(fù)債、以前年度留存的利潤后，超過實繳資本的部分作為合伙企業(yè)的年度應(yīng)納稅所得，分配至各合伙人申報納稅。綜上，留存收益僅在清算時被明確允許扣除。