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代謝物是生物體新陳代謝產(chǎn)生的小分子化合物的集合，通常指分子質(zhì)量小于1000Da的化合物，如氨基酸、多肽、糖類、有機酸、脂質(zhì)、維生素、生長因子、核苷和核苷酸等，這些物質(zhì)都是生物體內(nèi)產(chǎn)生和發(fā)現(xiàn)的，又稱內(nèi)源性代謝產(chǎn)物，通常所說的代謝物都是指內(nèi)源性代謝產(chǎn)物。外源性代謝物又稱外源性小分子，是指來源于食品添加劑、膳食補充劑、藥物以及環(huán)境污染物的化學(xué)物質(zhì)，這些外源性小分子進入機體后通過吸收和代謝等途徑與機體的各系統(tǒng)相互作用，可能會導(dǎo)致內(nèi)源性代謝紊亂。

代謝組學(xué)分析技術(shù)并不能直接實現(xiàn)內(nèi)外源代謝物的區(qū)分，因為質(zhì)譜技術(shù)或核磁共振技術(shù)只能鑒定代謝物的種類，并不能檢測其來源。有些物質(zhì)既可以是機體正常新陳代謝產(chǎn)生的，也可以是通過其他渠道攝入的。除非已知或預(yù)測某種物質(zhì)為外源或內(nèi)源代謝物，然后用于驗證其在樣品中是否存在。

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