檢測技術(shù)服務(wù):體內(nèi)磷酸化位點鑒定--檢測技術(shù)服務(wù)詳情

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體內(nèi)磷酸化的過程就是在激酶的催化作用下，將三磷酸腺苷（ATP）的磷酸根基團轉(zhuǎn)移到蛋白的氨基酸側(cè)鏈上，ATP隨之變?yōu)槎姿嵯佘眨ˋDP）。磷酸化修飾可以發(fā)生在多種氨基酸殘基上，主要集中在肽鏈中的酪氨酸、絲氨酸、蘇氨酸殘基上，這些殘基上具有游離的羥基，且本身不帶電荷，當(dāng)磷酸化作用后，蛋白質(zhì)便具有了電荷，從而使結(jié)構(gòu)發(fā)生變化，進一步引起蛋白質(zhì)活性的變化。

體內(nèi)磷酸化位點鑒定主要通過質(zhì)譜法進行檢測分析，即通過特定的步驟（如抗體富集、金屬富集和凝集素富集等）獲得富集的修飾肽段，然后進行串聯(lián)質(zhì)譜分析。在一次質(zhì)譜鑒定中可以可靠地鑒定數(shù)千種被修飾的多肽。但是對體內(nèi)磷酸化位點的定位識別仍然較為武斷，對于某些修飾位點的鑒定可能并不可靠。質(zhì)譜檢測所得出的實際質(zhì)譜圖在處理過程中需要考慮的因素更為復(fù)雜，如質(zhì)譜中的噪音信號、磷酸化修飾中未修飾片段的中性丟失以及具有相同質(zhì)荷比的修飾后的氨基酸與非修飾氨基酸的區(qū)別等。

此外，在處理磷酸化蛋白質(zhì)樣品質(zhì)譜數(shù)據(jù)時，有必要對修飾位點進行假陽性率（false discovery rate，F(xiàn)DR）的控制。對于肽段磷酸位點鑒定來說，可使用質(zhì)量可靠性算法評估磷酸化位點可信度，這種算法主要包括基于概率對鑒定質(zhì)量打分（如建立數(shù)據(jù)模型）和基于假陽性率（如Target-Decoy算法）進行計算。對于蛋白磷酸化修飾而言，錯誤定位率（false localization rate，F(xiàn)LR）沒有較好的實現(xiàn)方法，通常是通過合成肽段來評估，或者是針對僅包含一個修飾位點的肽段才有較好的效果。目前，可通過位點定位軟件試圖評估某個給定峰匹配到特定位點的概率，如A-Score算法等；或通過計算兩個修飾位點間的搜索引擎給的打分差值進行評估。在選擇這些算法的過程中，要綜合考慮質(zhì)譜平臺檢測的類型、搜庫算法與軟件的便捷性，從而為后續(xù)的分析提供較為可靠的磷酸化位點。

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