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海關(guān)對進出口貨物報關(guān)管理的主要制度實際是報關(guān)注冊登記制度，凡是在中華人民共和國進出境口岸辦理進出口貨物報關(guān)手續(xù)的企業(yè)必須向海關(guān)辦理報關(guān)注冊登記。
進口貨物報關(guān)單一般填寫一式二份，報關(guān)單填報項目要準(zhǔn)確、齊全、字跡清楚，不能用鉛筆;報關(guān)單內(nèi)各欄目，凡海關(guān)規(guī)定有統(tǒng)計代號的，以及稅則號列及稅率一項，由報關(guān)員用紅筆填寫;每份報關(guān)單限填報四項貨物;如發(fā)現(xiàn)情況有無或其他情況需變更填報內(nèi)容的，應(yīng)主動、及時向海關(guān)遞交更改單。
出口貨物報關(guān)單一般填寫一式兩份，填單要求與進口貨物報關(guān)單基本相同。
如因填報有誤或需變更填報內(nèi)容而未主動、及時更改的，出口報關(guān)后發(fā)生退關(guān)情況，報關(guān)單位應(yīng)在三天內(nèi)向海關(guān)辦理更正手續(xù)。
隨報關(guān)單交驗的貨運、商業(yè)單據(jù)任何進出口貨物通過海關(guān)，都必須在向海關(guān)遞交以填好的報關(guān)單的同時，交驗有關(guān)的貨運和商業(yè)單據(jù)，接受海關(guān)審核諸種單證是否一致，并由海關(guān)審核后加蓋印章，作為提取或發(fā)運貨物的憑證。
隨報關(guān)單同時交驗的貨運和商業(yè)單據(jù)有：海運進口提貨單;海運出口裝貨單(需報關(guān)單位蓋章);陸、空運運單;貨物的發(fā)票(其份數(shù)比報關(guān)單少一份，需報關(guān)單位蓋章等);貨物的裝箱單(其份數(shù)與發(fā)票相等，需報關(guān)單位蓋章)等。
需要說明的是如海關(guān)認為必要，報關(guān)單位還應(yīng)交驗貿(mào)易合同、定貨卡片、產(chǎn)地證明等。
另外，按規(guī)定享受減、免稅或免驗的貨物，應(yīng)在向海關(guān)申請并已辦妥手續(xù)后，隨報關(guān)單交驗有關(guān)證明文件。
進出口報關(guān)的操作流程：　　出口:　　一、出口報關(guān)企業(yè)應(yīng)具備在當(dāng)?shù)睾ｊP(guān)、檢驗檢疫局注冊備案，有進出口經(jīng)營權(quán)和報檢。
　　二、出口報關(guān)所需單證：　　1.客戶就在貨物運抵海關(guān)區(qū)后，裝貨的之前，備齊海關(guān)所需單證向海關(guān)申報。
　　2.必備單證：清單合同、核銷單、報關(guān)委托書、船公司裝貨單等單各一份。
　　3.按海關(guān)稅則所規(guī)定的各項。
(如通關(guān)單、出口許可證等)　　4.有出口手冊需提供手冊報關(guān)。
　　三、出口報檢所需單證：　　1.客戶應(yīng)在報關(guān)之日天備齊所需單證，向檢驗檢疫局申報。
提供單證有：清單、合同、報檢委托書、廠檢單、紙箱包裝單等各一份。
　　2.出口貨物到美國、澳大利亞、加拿大、歐盟等外包裝為木制的需做熏蒸或熱處理的，客戶所提供的單證有：清單合同、報檢委托書。
如熏蒸產(chǎn)品是木制品，還需提供廠檢單。
　　3.做熏蒸或熱處理的產(chǎn)品，客戶應(yīng)在報關(guān)前兩天，將貨物運抵到的堆場或港區(qū)進行熏蒸。
（熏蒸時間需）　　四、出口報關(guān)正式向海關(guān)申報。
如出口需繳納稅費的，應(yīng)及時繳納稅費。
　　五、海關(guān)現(xiàn)場審單結(jié)束。
貨物單證放行后，貨主應(yīng)在海關(guān)規(guī)定的時間內(nèi)將貨物運至海關(guān)區(qū)內(nèi)進行驗放。
如需查驗，報關(guān)行應(yīng)及時與海關(guān)聯(lián)系，進行貨物查驗，驗完后需按船公司封鉛封。
不需查驗的應(yīng)及時進行實貨放行，將裝貨單按截關(guān)時間送到港區(qū)裝船。
　　六、待貨物出口，船公司就將出口艙單數(shù)據(jù)傳送海關(guān)，海關(guān)接收到數(shù)據(jù)后報關(guān)行待海關(guān)數(shù)據(jù)結(jié)關(guān)后，及時到海關(guān)打印退稅核銷聯(lián)。
　　七、出口通關(guān)結(jié)束。
　　進口:　　一、客戶提供到貨通知書、正本提單或電放保函及換單費、THC費等給我司,由我司代客戶到所屬船公司換取進口提貨單。
　　二、準(zhǔn)備進口報關(guān)所需單證　　1.必備單證：清單 合同一式一份、報關(guān)、報檢委托書各一份。
　　2.從歐盟、美國、韓國、日本進口貨物，如是木制包裝箱的需提供熱處理證書或植物檢疫證書，如是非木制的提供無木制包包裝。
　　3.稅則所規(guī)定的各項（如進口許可證 重要工業(yè)品證書）　　4.有減免稅手冊的提供減免稅手冊。
　　三、進口申報后如海關(guān)審價需要，客戶需提供相關(guān)價格。
如信用證、保單、原廠、招標(biāo)書等海關(guān)所要求的文件。
　　四、海關(guān)打印稅單后，客戶需在7個工作日繳納稅費。
如超過期限，海關(guān)按日計征滯納金。
　　五、報關(guān)查驗放行后，客戶需及時到我司繳納報關(guān)、報檢代墊代辦費。
　　※貨物到港后十四日內(nèi)必需向海關(guān)申報。
如超過期限海關(guān)按日計征滯報金（按貨物價值萬分之五）超過三個月，海關(guān)將作無主貨物進行變賣。
進(出)口貨物許可證進出口貨物許可證制度，是對進出口貿(mào)易進行管理的一種行政保護手段。
我國與世界上大多數(shù)國家一樣，也采用這一制度對進出口貨物、物品實行全面管理。
必須向海關(guān)交驗進出口貨物許可證的商品并不固定，而是由國家主管部門隨時調(diào)整公布。
凡按國家規(guī)定應(yīng)申領(lǐng)進出口貨物許可證的商品，報關(guān)時都必須交驗由對外貿(mào)易管理部門簽發(fā)的進出口貨物許可證，并經(jīng)海關(guān)查驗合格無誤后始能放行。
但對外經(jīng)濟貿(mào)易合作部所屬的進出口公司、經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)經(jīng)營進出口業(yè)務(wù)的個部位所屬的工貿(mào)公司、個省(直轄市、自治區(qū))所屬的進出口公司，在批準(zhǔn)的經(jīng)營范圍內(nèi)進出口商品，視為以取得許可，免領(lǐng)進出口貨物許可證，只憑報關(guān)單即可向海關(guān)申報;只有在經(jīng)營進出口經(jīng)營范圍以外的商品時才需要交驗許可證。
商檢證書海關(guān)指示報關(guān)單位出具商檢證書，一方面是監(jiān)督法定檢驗商品是否已經(jīng)接受法定的商檢機構(gòu)檢驗;另一方面是取得進出口商品征稅、免稅、減稅的依據(jù)。
根據(jù)《中華人民共和國進出口商品檢驗法》以及《商檢機構(gòu)實施檢驗的進出口商品種類表》規(guī)定，凡列入《種類表》的法定檢驗的進出口商品，均應(yīng)在報關(guān)前向商品檢驗機構(gòu)報驗。
報關(guān)時，對進口商品，海關(guān)憑商檢機構(gòu)簽發(fā)的檢驗證書或在進口貨物報關(guān)單上加蓋的印章驗收。
除上述單證外，對國家規(guī)定的其他進出口管制貨物，報關(guān)單位也必須向海關(guān)提交由國家主管部門簽發(fā)的特定的進出口貨物批準(zhǔn)單證，由海關(guān)查驗合格無誤后再予以放行。
諸如食品衛(wèi)生檢驗，藥品檢驗，動植物檢疫，文物出口簽定，金銀及其制品的管理，珍貴稀有野生動物的管理，進出口射擊運動、狩獵用槍彈和民用爆破物品的管理，進出口音像制品的管理等均屬此列。
(二)進出口貨物的查驗進出口貨物，除海關(guān)總署特準(zhǔn)查驗的以外，都應(yīng)接受海關(guān)查驗。
查驗的目的是核對報關(guān)單證所報內(nèi)容與實際到貨是否相符，有無錯報、漏報、瞞報、偽報等情況，審查貨物的進出口是否合法。
海關(guān)查驗貨物，應(yīng)在海關(guān)規(guī)定的時間和場所進行。
如有特殊理由，事先報經(jīng)海關(guān)同意，海關(guān)可以派人員在規(guī)定的時間和場所以外查詢。
申請人應(yīng)提供往返交通工具和住宿并支付費用。
海關(guān)查驗貨物時，要求貨物的`收、發(fā)貨人或其代理人必須到場，并按海關(guān)的要求負責(zé)辦理貨物的搬移、拆裝箱和查驗貨物的包裝等工作。
海關(guān)認為必要時，可以徑行開驗、復(fù)驗或者提取貨樣、貨物保管人應(yīng)當(dāng)?shù)綀鲎鳛橐娮C人。
注意事項：(1)接到客戶全套單據(jù)后，應(yīng)確認貨物的商品編碼，然后查閱海關(guān)稅則，確認進口稅率、確認貨物需要什么監(jiān)管條件，如需做各種檢驗，則應(yīng)在報關(guān)前向有關(guān)機構(gòu)報驗。
報驗所需單據(jù)：報驗申請單、正本箱單發(fā)票、合同、進口報關(guān)單兩份。
(2)換單時應(yīng)催促船舶代理部門及時給海關(guān)傳艙單，如有問題應(yīng)與海關(guān)艙單室取得聯(lián)系，確認艙單是否轉(zhuǎn)到海關(guān)。
(3)當(dāng)海關(guān)要求開箱查驗貨物時，應(yīng)提前與場站取得聯(lián)系，調(diào)配機力將所查箱子調(diào)至海關(guān)指定的場站。
(事先應(yīng)與場站確認好調(diào)箱費、掏箱費。
)2.若是法檢商品應(yīng)辦理驗貨手續(xù)。
如需商檢，則要在報關(guān)前，拿進口商檢申請單(帶公章)和兩份報關(guān)單辦理登記手續(xù)，并在報關(guān)單上蓋商檢登記在案章以便通關(guān)。
驗貨手續(xù)在最終目的地辦理。
如需動植檢，也要在報關(guān)前拿箱單發(fā)票合同報關(guān)單去代報驗機構(gòu)申請報驗，在報關(guān)單上蓋放行以便通關(guān)，驗貨手續(xù)可在通關(guān)后堆場進行。